En l’an 2000, la calotte glaciaire du pôle Sud, heurtée de plein fouet par un météorite, a complètement fondu. C’est la plus grande catastrophe de tous les temps, le "Second Impact". Le niveau des océans augmente de plus de 20 mètres en un clin d’oeil, engloutissant des villes entières. Les humains survivants s’entre-déchirent dans des guerres insensées. Plus de la moitié de la population mondiale disparaît ainsi… Et quinze ans plus tard, le grand centre urbain du nouveau Tokyo est attaqué par une mystérieuse créature nommée Ange. Mais pour se défendre, un homme nommé Gendo Ikari a créé des machines de guerre humanoïdes nommées Evangelion. Les pilotes de ces machines doivent être choisis parmi des adolescents, selon des critères essentiels connus seulement de Gendo, fondateur du Nerv, le service de maintenance des Evangelion. Et parmi les adolescents désignés, il y a Shinji Ikari, le fils de Gendo Ikari.Voici donc l’univers sombre et morbide dans lequel le jeune Shinji, héros malgré lui, va devoir combattre pour l’humanité, chose à laquelle il n’a jamais aspiré. Refusant d’accepter la lourde responsabilité qui lui incombe, il se rendra vite compte que sa personnalité refoulée qui prend le dessus et se déchaîne sauvagement. Shinji finit par se demander qui il est, ce qu’il ressent vraiment lorsqu’il pilote… Et pour corser le tout, Shinji a des relations très tendues avec son père. A la mort de sa mère, son père l’a confié à des parents éloignés sans jamais se soucier de lui. Quand son père l’a fait revenir à Tokyo, ils ne se sont pas revus depuis trois ans. Loin d’exprimer un bonheur quelconque, Gendo lui ordonne simplement de prendre place à bord du prototype Evangelion pour combattre l’ange qui dévaste la ville. Réticent au début, il finit par accepter après avoir constaté que son refus ferait retourner au charbon la jeune et frêle Rei, blessée en pilotant le même Evangelion quelques minutes plus tôt. Une fois dans le cockpit, il est noyé dans un fluide proche du liquide amniotique, afin de faire passer les informations neuronales du pilote à l’Evangelion. Stupéfiant toute l’équipe du Nerv, Shinji révèle une hypersensibilité innée au fonctionnement de l’Evangelion, et ce sans réglage ni entraînement préalables. Il ressent ce que la machine ressent. Mais en face du monstre, le doute l’envahit. Est-il vraiment fait pour cela ? Maladroit au début, Shinji finit par vaincre lorsque sa personnalité cachée, violente et barbare, reprend le dessus…Se réveillant dans un lit d’hôpital et se demandant s’il n’a pas rêvé, il finit par apercevoir son père auprès de Rei. Pas un sourire, pas un mot d’encouragement n’émanant de lui, Shinji comprend que sa vie ne changera pas de sitôt, si ce n’est qu’il devra sans doute se battre encore malgré lui. Félicité par la douce Misato, membre du Nerv, il s’effondre en larmes, regrettant que ces mots n’aient pas été ceux de son père… Il emménage chez elle. Et découvre qu’elle est terriblement désordonnée, qu’elle avale des litres de bière tous les soirs et qu’elle élève un pingouin dans son frigo. Après une mission au cours de laquelle il sauve des camarades de classe, il décide de prendre la fuite. Il disparaît pendant des jours, fuyant la réalité… avant d’être rattrapé par une escouade de militaires partis à sa recherche. Mais pendant son escapade, il a découvert qu’il avait un ami, l’un des deux camarades de classes sauvés précédemment, apte à le comprendre. Après un désir déraisonnable de quitter Tokyo, Misato le convainc finalement d’accepter la mission qui lui incombe…