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Episode 6 : Bataille décisive à Tokyo-3

L’Eva-01 neutralisée par l’Ange, est ramenée à la Nerv. Shinji qui a perdu connaissance, est placé en réanimation pendant que l’Ange se fraie un passage jusqu’à la Nerv en perçant un à un les niveaux de défense du QG. Il y parviendra dans 10 heures d’après les estimations. Misato décide alors d’emprunter l’énergie de tout le Japon pour détruire l’Ange à l’aide d’un fusil à positrons. Shinji et Rei sont alors chargé d’exécuter ce plan ensemble avec l’Eva-00 et l’Eva-01.

Episode 7 : Construit par l’homme

Misato et Ritsuko assistent à la présentation du Jet Alone, une nouvelle arme pour combattre les Anges, crée par une organisation concurrente. Mais lors de l’activation du Jet Alone, un incident se produit et le robot devient incontrôlable. Misato va tenter de le désactiver avec l’aide de Shinji.

Episode 8 : L’arrivée d’Asuka au japon

Misato et Shinji accompagnés de Tojo et Kensuke vont à la rencontre de la flotte de navire, qui ramène l’Eva-02 et son pilote, Asuka, venant d’Allemagne. Misato retrouve également son ex-petit ami, Kaji Ryoji.

Mais pendant qu’Asuka dévoile son Eva à Shinji, la flotte est attaqué par un Ange. Asuka saisit alors l’occasion de montrer ses talents de pilote à bord de l’Eva-02 dans un combat aquatique.

Episode 9 : Juste un instant, les cœurs à l’unisson

Tandis qu’Asuka est devenue la coqueluche de tous les garçons de l’école, Kaji retrouve Ritsuko sous l’œil agacé de Misato.

Un nouvel Ange (Israfel) apparaît et les Evas-01 et 02 sont envoyées pour l’intercepter. Malheureusement, Israfel a la capacité de se dédoubler et ridiculise les deux Evas.

Après ce cuisant échec, Ritsuko remet à Misato une cassette de la part de Kaji : le moyen d’éliminer l’Ange grâce à une attaque synchronisée des Evas. Shinji et Asuka vont donc devoir vivre ensemble pour pouvoir s’accorder parfaitement et être en parfaite harmonie lors du combat.

Episode 10 : Magmadiver

Shinji, Asuka et Rei sont privés de leur voyage scolaire à Okinawa pour rester à la Nerv en cas d’attaque. Pendant ce temps, la Nerv repère un embryon d’Ange, immergé dans le cratère d’un volcan. Le commandant Ikari convainc la Seele de les laisser capturer ce spécimen. Asuka est chargée d’effectuer la capture et pour l’occasion, son Eva-02 a été équipée d’une combinaison spéciale afin de pouvoir supporter la chaleur du magma. Mais une fois le capture effectuée, l’embryon se développe. L’Ange Sandalphon naît et Asuka doit l’éliminer.