L’histoire de Wild Arms 2 se déroule dans le monde de Filgaia. ARMS est une organisation qui porte secours aux populations en difficulté et les protègent contre Odessa, une organisation terroriste qui a autrefois détruit l’ancienne organisation ARMS.

Ces événements tragiques se déroulèrent lors de la cérémonie d’intégration et de serment des cadets, dont Ashley Winchester, l’un des protagonistes, faisait partie. Odessa lança un sort qui transforma toutes les personnes présentes en démons agressifs. Devenus fous, les justiciers se jetèrent les uns sur les autres, s’entredéchirant et se massacrant avec leurs corps de démons. Seul Ashley parvint à survivre à la catastrophe en descellant l’épée légendaire, enfoncée dans un rocher depuis des centaines d’années. Cela provoqua une explosion qui détruisit le quartier général des ARMS et empêcha que les démons se répandent dans Filgaia. Le monde se retrouva alors sans protection.

Aujourd’hui, Irving Vold Valeria, un noble de la ville de Meria, a décidé de rassembler et de reformer l’organisation ARMS. Ashley, seul survivant de la précédente organisation, est bien sûr l’un des premiers membres de la nouvelle organisation ARMS. Irving recrute aussi rapidement la jeune Lilka, une sorcière dont la sœur est connue pour être l’une des plus puissantes. Le troisième membre de l’équipe est Brad Evans, un ancien héros enfermé dans une prison, mais délivré par Ashley et Lilka. Au début, Brad Evans n’obéit à Irving que sous la menace d’un explosif placé dans son avant de devenir volontairement un membre de l’équipe. Notre équipe des héros sera rapidement rejoints par Tim Rhympeless, un jeune garçon capable de faire appel aux anciens Gardiens, et Kanon, une chasseuse de primes cyborg, ainsi qu’un personnage caché.