Kanji Sasahara rentre en première année à l'université S. Grand fan de mangas et d'animes, il recherche un club étudiant où il pourrait partager cette passion. Un seul semble lui convenir : le Genshiken (Club d'étude de la culture visuelle moderne). Malgré sa timidité maladive, il tente d'en apprendre plus sur les activités proposées par ce club. Il va à la rencontre des adhérents, d'authentiques otakus, qui le piègent et lui font passer un test avant de l'accueillir officiellement. Le jeune homme va alors découvrir un univers où prône la connaissance des mangas et des jeux vidéo, un véritable parcours initiatique à travers la sous-culture contemporaine nippone.