Shinji Ikari

Jeune garçon de 14 ans timide et introverti. Après plus de 10 années sous la tutelle de son oncle, il a rejoint la Nerv et est brutalement nommé pilote de l'Eva-01 par son père Gendo. Il entretient des relations très ambiguës avec son père qui ne lui montre aucune attention. Sous des apparences réservées et timides, Shinji est un garçon qui souffre et qui a peur. Il a besoin d'amour mais s'isole et fuit souvent.

Rei Ayanami

Agé de 14 ans, Rei est le pilote de l’Eva-00. Personnage très mystérieux. Elle parle peu, elle est directe et elle paraît insensible et sans émotions. Très attaché à Gendo au début de la série, elle se détachera de lui et deviendra moins soumise aux volontés de gendo et finira par comprendre qu'il l'utilise. Plus elle se détache de Gendo, plus elle se rapproche de Shinji. Ses mystères seront dévoilés au fur et à mesure dans la série.

Asuka Soryo-Langley

14 ans. Pilote de l’Eva-02. Intelligente et excellent pilote, mais trop exubérante. Elle se bat pour montrer ses capacités de pilote. Elle a l’âme d’une battante et ne supporte pas l’échec ou être en dessous de quelqu’un. Elle aussi, derrière son caractère difficile, cache une lourde histoire.

Misato Katsuragi

29 ans. Célibataire. Elle est la responsable de la stratégie de la Nerv et c’est la meilleure amie de Ritsuko. Supérieur direct des pilotes, elle commande les batailles contre Anges. Elle est impulsive, mais sensible. Misato détestait son père jusqu’au Second Impact, où son père lui a sauvé la vie au péril de la sienne. Elle est entré à la Nerv pour venger son père des anges.

Ritsuko Akagi

30 ans. Meilleure amie de Misato. Elle appartient à la première division pour le développement de la Nerv, et est responsable du développement d’Evangelion. Flegmatique et raisonnable, elle est à l’opposé de Misato. Elle est dans les secrets de Gendo Ikari et cache les enjeux de la Nerv. Elle a succédé à sa mère en tant que collaboratrice de Gendo.

Gendo Ikari

48 ans. Père de Shinji. C'est le commandant suprême de la Nerv. Accomplir sa mission reste pour lui une priorité. Son attitude, son manque de compassion pour le reste de l'humanité, ses lourdes responsabilités et le but mystérieux qu'il poursuit en font un personnage complètement antipathique. Très froid vis-à-vis de son fils, il est plus attentionné auprès de Rei. Il travaille avec la Seele pour réaliser son projet…

Kozo Fuyutsuki

Ancien professeur de biologie à l'université de Tokyo. Il eut la mère de Shinji comme élève et rencontra ainsi Gendo qu'il n'apprécia pas, il voulut dénoncer la conspiration qui consistait à cacher la vraie raison du Second Impact (réveille du premier Ange). Il se joignit cependant à Gendo qu'il épaule.

Ryoji Kaji

Ex-petit-ami de Misato. Il a connu Misato et Ritsuko à l’université. Responsable des services spéciaux, il espionne la Nerv pour le compte de la Seele et du ministère de l'intérieur. Il s’occupe des rapports sur le plan de complémentarité de l’homme. Il tente de découvrir les secrets de la Nerv.

Kaworu Nagisa

Le cinquième pilote mais aussi le dernier Ange, il est envoyé à la Nerv par la Seele. Il devient ami avec Shinji. Il veut s'unir avec Adam pour combler le vide de son âme, mais Shinji l'arrête. C’est le personnage le plus mystérieux avec Rei.

Toji Suzuhara

Camarade de classe de Shinji, Toji est un garçon bagarreur et dynamique, n'hésitant pas à accuser Shinji d'avoir blessé sa soeur lors du premier combat de Eva-01 contre un Ange. Il devient ensuite ami avec Shinji. Il sera élu pour piloter l’Eva-03. Malheureusement pour lui l'Eva-03 sera possédé par un Ange et attaquera les Evangelions. Il arrivera à échapper de justesse à la mort, mais en perdant sa jambe gauche.

Kensuke Aida

Ami de Shinji et Toji, il admire la Nerv et voudrait être pilote d'Eva. Il donne le courage à Shinji de mieux s'intégrer dans la société. C'est un passionné de maquettes d'engins militaires.

Horaki Hikari

Déléguée de la classe de Shinji. Elle devient rapidement la meilleure amie d'Asuka. Elle vit seule avec ses soeurs et est amoureuse de Toji qu'elle trouve gentil.

Yui Ikari

La mère de Shinji. Elle a étudié à l'université de Kyoto avec Gendo Rokubungi. Elle a réalisé la technologie de clonage qui a permis de construire l'Eva-01. Elle est décédée en 2004 lors du premier test d'activation de l'Eva-01, sous le regard de son fils Shinji.

Naoko Akagi

Mère de Ritsuko, elle est membre du Gehirn. C'est elle qui a élaboré et parachevé en 2010 le bio-ordinateur Magi, dans lequel elle inséré trois facettes de sa personnalité (la mère, la scientifique et la femme).

Kiele Lorentz

Kiele Lorentz est le président de la Seele, composé de 12 personnes.

Penpen

C’est un pingouin d'eau chaude. Il porte un appareil thermorégulateur dans son dos.